La tecnica dell'agopuntura si ricollega alla filosofia taoista, e si basa sulla convinzione che nel corpo vi sia un equilibrio di energie di diverso tipo che regolano i processi vitali. La malattia non sarebbe altro che la manifestazione di un disequilibrio tra le diverse energie; la stimolazione mediante aghi di precisi punti del corpo consentirebbe di ripristinare la condizione di equilibrio e di sbloccare i punti in cui l'energia si è accumulata. L'applicazione dell'agopuntura si estende dalla terapia di malattie psicosomatiche alla cura del dolore come sintomo di diverse patologie (asma, gastrite, colite); inoltre, questa tecnica è risultata efficace come anestetico nel corso di interventi chirurgici con paziente sveglio come parti cesarei e rimozioni di tumori cranici. Un'interpretazione degli effetti positivi ottenuti tramite agopuntura è quella secondo cui gli aghi infissi determinerebbero uno stato prossimo al sonno, come si riscontra dall'analisi di elettroencefalogrammi di pazienti trattati; inoltre, sembra che vi sia un'azione di risposta dell'organismo all'infissione degli aghi che stimolerebbe il sistema immunitario; ancora, vi sarebbe anche un'azione di inibizione della sensibilità al dolore grazie alla stimolazione di alcuni punti del sistema nervoso autonomo. La letteratura è ormai piena di casi che attestino l'efficacia di tale trattamento medico. Vi sono tuttavia alcune limitazioni sulla riuscita del trattamento, legate direttamente al comportamento del paziente: casi tipici a riguardo sono la terapia per smettere di fumare (che richiede comunque una forte determinazione del paziente) e la dieta (che richiede comunque un'alimentazione equilibrata). L'agopuntura è una tecnica minimamente invasiva pur tuttavia presenta alcuni ridotti rischi se ci si rivolge a personale privo di esperienza. Tra questi si riscontrano principalmente ematomi a seguito della puntura accidentale di strutture circolatorie che può capitare soprattutto al personale sanitario meno esperto. Vi sono dei chiari avvisi, nei testi responsabili sull'agopuntura che riguardano sia la profondità che l'angolazione nella quale gli aghi possono essere inseriti, queste istruzioni, chiaramente, indicano un range con valori di minima e di massima a seconda dello habitus del paziente (in un obeso visto il maggior spessore dello strato adiposo saranno richieste infissioni leggermente più profonde) e sono intese inoltre a rendere completamente sicura tale pratica. Attualmente il personale medico che pratica agopuntura utilizza esclusivamente aghi monouso e non aghi sterilizzati i quali, se non ben sottoposti a trattamento, potrebbero trasferire infezioni come l'HIV o l'epatite. Nel Regno Unito i membri del British Acupuncture Council (BAcC) osservano un codice di pratica sicura che precisa standard stringenti di igiene e sterilizzazione degli strumenti - i membri utilizzano aghi monouso pre-sterilizzati. Standard simili esistono nella maggior parte delle giurisdizioni degli Stati Uniti. Qualche volta gli aghi vengono conservati in alcol, ma l'alcol non uccide il virus che causa l'epatite C. L'utilizzo di aghi sterili monouso annulla ogni rischio di trasmissione di malattie infettive. Talvolta, nel trattare dolore o utilizzando l'agopuntura come anestetico, una debole corrente elettrica viene fatta passare attraverso gli aghi, tale pratica nota come Elettro-agopuntura e molto efficacie e viene spesso utilizzata come anestesia durante interventi chirurgici (un'importante applicazione sarebbe possibile nella neuro-chirurgia dove spesso è richiesto che il paziente sia sveglio e cosiente). Questo stimola le cellule nervose dell'area in maniera che si impoveriscano delle sostanze chimiche necessarie a trasmettere segnali.
Ferite gravi in seguito ad agopuntura sono pressoché impossibili, ma non del tutto sconosciute perché causate da agopunturisti non esperti ed all'altezza. Agopunturisti esperti, provvisti di licenza e ben istruiti garantiscono la completa sicurezza del trattamento senza danni al paziente. Ciò nonostante, in molti paesi (ma non in Italia) chiunque può autoproclamarsi agopunturista, non ci sono requisiti legali riguardo l'istruzione, rendendo difficile discernere il valore attuale delle licenze e dell'istruzione degli agopunturisti. Il pannello di consenso dei National Institutes of Health (istituzione medica statunitense per la ricerca medica) ha rilasciato la seguente dichiarazione riguardo i rischi associati all'agopuntura: "Effetti collaterali avversi dell'agopuntura sono estremamente ridotti e spesso minori dei trattamenti convenzionali".