Shannen Maria Doherty è nata il 12 aprile 1971 a Memphis (nel Tennessee), e si è trasferita a Los Angeles all'età di 7 anni.
Ha iniziato la sua carriera partecipando a 11 anni alla serie "La casa nella prateria" nel ruolo di Jenny Wilder. Nel 1982 il cinema si accorge di Shannen, e dopo essere apparsa nel film "Turno di notte", otterrà un ruolo secondario nel film con Sarah Jessica Parker "Girls Just Want to Have Fun". nel 1989 se la dovrà vedere con Winona Ryder nel film "Schegge di follia".
I suoi maggiori successi, li deve ad Aaron Spelling, con cui Shannen ha sempre avuto un rapporto di amore e odio. Infatti dopo avere interpreto Brenda Walsh, nel famoso serial "Beverly Hills 90210", Shannen impersonerà Prue Halliwell nella in "Streghe". Abbandonerà la serie nel 2001 dopo tre stagioni, dicendo a tutti che la sua migliore interpretazione era stata sprecata in uno show per dodicenni, anche se voci di corridoio ammettono che il suo abbandono sia dovuto ad una rivalità con la collegha Alyssa Milano.
Nel 1994 esce il film "Sesso bendato", storia di un uomo che raggiunge il piacere solo se ammanettato, molti lo aspettano con ansia, ma all'uscita del film, la pellicola si aggiudica critiche amare. Ci penserà Kevin Smith (il regista di Clerks - Commessi) a rilanciarla grazie al film "Generazione X".
Nel 2001 girerà insieme a Julian Mcmahon il film tv "Another day", mentre nel 2002 sarà ancora il regista Kevin Smith a rilanciarla nel cinema con il film "Jay & Silent Bob... Fermate Hollywood!".
Dal Gennaio 2003 al 2004 ha presentato il reality "Scare Tactics" sulla rete statunitense "Sci Fi channel". Fu una dei protagonisti della serie TV "North Shore", un ritorno alle sue radici da attrice in stile soap-opera. Tra il 2005 e il 2006 ha condotto il Reality Show "Breaking Up With Shannen Doherty".
La sua vita privata è stata turbolenta, il suo matrimonio con George Hamiton è durato solo sei mesi. Ha avuto una relazione con Julian McMahon, Cole in "Streghe" e ora il chirurgo Christian di "Nip & Tuck".
Nel Dicembre del 2003, è apparsa in nove pagine del noto giornale "Playboy".
Si presentò al provino di "Streghe" accompagniata dall'amica Holly Marie Combs. Infatti Shannen si presentò per il ruolo di Piper e Holly per quello di Prue, ma l'esito fu inverso. Pur non essendo più nel cast di "Streghe" dopo il termine della Stagione 3, è stata pagata fino alla Stagione 5.
Nel 2008 entra come guest-star in "90210", spin-off della serie tv cult anni '90 "Beverly Hills, 90210", dova la Doherty ritorna nel ruolo di Brenda.