Jennifer Anne Garner è nata il 17 Aprile del 1972 ad Houston, Texas, figlia di Patricia Ann, docente di Inglese proveniente dall'Oklahoma, e William John Garner, un ingegnere chimico che lavorava per l'Union Carbide in Texas. E' la figlia di mezzo tra due sorelle, Melissa Garner Wylie (nata nel 1969, attualmente vive a Boston, Massachussetts) e Susannah Kay Garner Carpenter (nata il 24 gennaio 1975 in Texas, vive in Charleston, West Virginia). A tre anni, la Garner cominciò a prendere lezioni di danza che proseguirono per diversi anni. Anche se ha ammesso che amava danzare, non ha mai avuto l'ambizione di diventare una ballerina classica. Quando aveva quattro anni, il lavoro di suo padre con l'Union Carbide fece trasferire la sua famiglia a Princeton, West Virginia, poi a Charleston, West Virginia, dove la Garner ha vissuto fino agli anni dell'università. Nel 1990, la Garner si diplomò presso la George Washington High School a Charleston, dove suonava il sassofono nella banda scolastica. Si iscrisse poi alla Denison University per studiare chimica. Quando realizzò di preferire il palcoscenico alle scienze, la Garner indirizzò le sue inclinazioni verso la recitazione. Durante il soggiorno alla Denison, la Garner fu introdotta in una confraternita di donne chiamata Pi Beta Phi. Si laureò nel 1994 e continuò la sua educazione teatrale al National Theater Institute a Waterford, Connecticut, dove fu allenata dal coreografo d'azione David Chandler, che le disse che aveva un talento naturale nelle scene di lotta. Ansiosa di fare nuove esperienze, si recò a New York dal suo amico Clayton Kirlew nel 1995, e decise di lavorare al teatro di New York. A New York City, la Garner guadagnava $150 a settimana come apprendista nella commedia A Month in the Country presso la Roundabout Theatre Company nel 1995. Fu poi ingaggiata per il suo primo ruolo televisivo, una parte nel film TV Zoya, basato sul romanzo di Danielle Steel. Nel 1996 apparì in un episodio di Spin City nei panni della fidanzatina di James. I suoi lavori successivi furono in due telefilm di breve durata, Significant Others (1998) e Cenerentola a New York, e un ruolo ricorrente nella serie TV Felicity. La Garner apparì nella commedia Fatti, strafatti e strafighe, interpretando la fidanzata di Ashton Kutcher. Nel 2001, apparì nei panni di un'infermiera nel film ad alto budget Pearl Harbor, recitando al fianco di Kate Beckinsale e del futuro marito Ben Affleck. Successivamente nel 2001, J.J. Abrams (il produttore di Felicity) propose alla Garner di recitare in un nuovo show al quale stava lavorando per la ABC. Dopo un'audizione, fu ingaggiata per il ruolo di Sydney Bristow nello spy-drama Alias. La serie diventò un successo e la Garner vinse il premio come "Miglior Attrice in una serie drammatica" ai Golden Globe nel gennaio 2002. Alias era iniziato da pochi mesi, e la Garner vinse il premio con la sola metà degli episodi trasmessi. Il telefilm si concluse nel mese di Maggio 2006 dopo una quinta, abbreviata stagione. Dopo l'iniziale successo di Alias, la Garner tornò a dedicarsi alla sua carriera cinematografica con un piccolo ruolo nel film di Steven Spielberg Prova a prendermi, e recitò con Ben Affleck nei panni di Elektra Natchios nell'action movie Daredevil, una trasposizione del celebre fumetto. Mostrò il suo lato comico nel 2004 in 30 anni in un secondo, una commedia romantica il cui successo commerciale l'affermò come attrice capace di assumere il ruolo portante nei film, e ritornò ad interpretare "Elektra" nel 2005 nello spin-off di Daredevil, intitolato Elektra. Nel 2007 fondò una casa di produzione chiamata Vandalia Films, che produrrà il suo primo film. La Garner ha anche interpretato Roxanne in Cyrano de Bergerac al Richard Rodgers Theatre di Broadway dal 1° Novembre 2007 con Kevin Kline che interpretava il protagonista. Questo rappresenta il suo debutto a Broadway. Il 19 Ottobre 2000, la Garner si sposò con l'attore Scott Foley, che conobbe sul set di Felicity nel 1998. Dopo la separazione con Foley nel Marzo 2003, la Garner chiese il divorzio nel mese di Maggio, a causa di inconciliabili differenze. Durante il 33° compleanno della Garner, Affleck le fece la proposta di matrimonio con un diamante di 4.5 carati e la coppia si sposò il 29 Giugno del 2005. Il 1° Dicembre 2005, ha dato vita alla loro figlia, Violet Anne Affleck, a Los Angeles, California, mentre il 7 Gennaio 2009, la Garner ha dato alla luce la sua secondogenita, che ha chiamato Seraphine Rose Elisabeth.