Durante l'epoca babilonese un extraterrestre, Babil, venuto dallo spazio profondo, decide di scendere sulla Terra. Il motivo della sua discesa è quello di costruire una base sotterranea, nascosta sotto una torre, prevedendo un futuro attacco da parte di Yomi, una creatura infernale, signore del male. Il discendente dell'extraterrestre è Koichi, un ragazzo che vive sulla Terra, e che conduce una esistenza normale insieme agli zii e alla cugina Yumiko. In un tormentato sogno ricorrente, Koichi sente una voce misteriosa che lo chiama da una torre nel deserto: è la voce di babil Primo, un alieno naufragato sulla Terra, che lo ha scelto per diventare Babil Junior, guerriero psichico difensore della leggendaria Torre di Babele. Ma una perisolosa e spietata setta di Esper, i Sensitivi, mira a imppadronirsi del segreti della Torre. Sarà compito di Babil Junior e dei suoi tre fedeli servitori contrastarne i piani. L'incontro con Roden segna la vita del ragazzo: condotto nella base segreta scopre il suo destino e la sua missione, proteggere la terra dal signore del male Yomi.

Babil Junior è un manga realizzato da Mitsuteru Yokoyama. Venne anche creata una serie animata è prodotta dalla Toei Animation nel 1973. L'anime è stato considerato uno dei migliori in assoluto, nonostante la tecnica di disegno non sia particolarmente evoluta.

Nel novembre del 2007, la Yamato Video ha iniziato la vendita dei DVD della serie, mentre il manga è pubblicato in Italia da d/visual.